由于冷凝水的產生和積聚，凈化手術室空調機組容易成為細菌滋生的場所。因此，應重新分配系統的熱濕負荷，使系統在潮濕條件下的運行點較小。本工程采用循環凈化空調機組干工況運行系統。系統濕負荷均由新風機組承擔，冷負荷由新風機組和各循環空調機組分擔。
凈化手術室系統具有以下運行特點：（1）新風集中處理，通過粗、中、亞三級過濾，滿足進一步凈化處理的要求，有利于保證手術室的清潔，提高工作效率末端過濾器的狀況。（2） 循環機組承擔部分冷負荷，減少新風負荷。（3） 經深度處理后，新風可抵消室內除濕，循環機組不需除濕，使盤管機組趨于干工況運行。（4） 濕度由新風機組機器的露點溫度調節，再由回風量調節，不需再加熱，避免了傳統恒溫恒濕處理方式中大量冷熱的抵消，大大降低了系統的整體能耗。（5） 新風機組可用作系統值班機組，保持潔凈手術室常年正壓狀態。（6） 各房間送風量便于獨立控制和停機。